Nikka hed oprindeligt Dai Nippon Kaju, hvilket betyder ”The Great Japan Juice Co.”. Firmaet blev startet af blandt andre den berømte Masataka Taketsuru, japansk whiskys måske mest centrale figur. Hos Dai Nippon Kaju var ambitionen at lave æblejuice, og det gjorde man i nogle år, men forbrugerne var ikke tilfredse med, at juicen var uklar (det var ikke trendy i 1930’ernes Japan), så store mængder blev sendt tilbage. For at dette ikke skulle gå til spilde, besluttede man at gære og destillere det til brandy. Taketsuru havde erfaring med spiritusproduktion, både fra Skotland, hvor han var i lære ved Longmorn og Hazelburn, og fra Yamazaki i Japan, som han var med til at starte omtrent 10 år forinden. Der gik ikke længe før man også begyndte at lave whisky. I 1952, syv år efter man var holdt op med at lave æblejuice, skiftede navnet til Nikka Whisky Co (en sammentrækning af det gamle navn).
I dag ejer Nikka to whiskydestillerier, Yoichi på Hokkaido, hvor whiskyproduktionen startede i 1936, og Miyagikyo nær Sendai i Miyagi, opført i 1968.
Yoichi er anlagt næsten som en lille landsby med gamle huse af sten. Når bygninger rives ned i den nærliggende landsby, Otaru, opkøber Nikka stenene i tilfælde af, at de skal renovere de historiske bygninger ved Yoichi i fremtiden. Whiskyen, der produceres her, er relativt kraftigt røget og en smule tungere end stilen hos Miyagikyo. Yoichi er ét af de sidste destillerier i verden, hvor kedlerne er ”direct fired” og hvert 8. minut må en ansat skovle kul i ovnen under kedlen.
Miyagikyo har, som kontrast til Yoichi, et større fokus på ikke-røget whisky, og stilen er lettere og mere ”Speyside-agtig”. Kedlerne er større og opvarmet med damp, og rørene fra kedlerne til kondensatoren går opad. Siden 2017 har Nikka også lavet vodka og gin på Coffey stills på Miyagikyo.
